V majetku SK byl Horácký zimní stadion, Sportovní hala a fotbalový areál v Březinových sadech, areály házené a volejbalu, tenisový areál a loděnice u Českého mlýna, sokolovna, lyžařský vlek a chaty na Čeřínku a chata na Maršově. V průběhu roku rozhodla členská schůze oddílu tenisu o obnovení činnosti ČLTK Jihlava a vystoupení z SK. Tenisový areál byl převeden do vlastnictví této organizace. Nastalo podstatné omezení příspěvků na činnost SK z centrálních zdrojů ( Sazka, státní rozpočet ). V tomtéž roce byla postavena ocelová konstrukce tribuny na fotbalovém hřišti a to z vlastních zdrojů, když původní příslib ONV o poskytnutí příspěvku na stavbu nebyl splněn. Někteří z členů ZRTV se podíleli na obnovení činnosti TJ Sokol Jihlava (ČOS). Ve smyslu zákona pak byl Sokolu převeden do vlastnictví nemovitý majetek, který Sokol vlastnil v březnu 1948, tj. sokolovna, pozemek bývalého sokolského hřiště a srubová chata Maršov.
TJ Sokol současně pronajala za úplatu SK pozemek bývalého sokolského hřiště zastavěný Horáckým zimním stadiónem. Ve stejném roce rozhodla Valná hromada ČSTV o novém dělení finančních prostředků, získaných provozem Sazky. Z rozpočtu ČR byla vyčleněna částka na údržbu a opravy zařízení TJ/SK. Tím došlo k dalšímu citelnému snížení příspěvků z centrálních zdrojů. Na základě tohoto rozhodnutí předložil výkonný výbor SK jednání II. valné hromady ke schválení návrh pravidel hospodaření s tím, že oddílům/ odborům bude nadále poskytováno sportovní zařízení podle potřeb oddílů zdarma a sportovní činnost bude hrazena z příspěvků svazů, členských a oddílových příspěvků a příspěvků od sponzorů. Ústřední svazy zrušily financování TSM a bylo zrušeno i financování sportovních tříd z prostředků Ministerstva školství, mládeže a tělesné výchovy. To se ukázalo jako nemoudré rozhodnutí, a tak je snaha obojí znovu obnovit.
V r. 1991 uplatnil Klub českých turistů v Praze nárok na převedení bývalého majetku této organizace zpět do jeho vlastnictví. Proto byl zrušen odbor turistiky při SK a vznikl samostatný právní subjekt KČT Čeřínek. Příspěvky z centrálních zdrojů se rok od roku snižovaly a vedlejší hospodářská činnost nepřinášela očekávané zisky. Bylo proto nutné přistoupit k zásadním změnám v organizaci a hospodaření SK Jihlava. Byla provedena i změna Stanov. V. valná hromada v roce 1992 byla mezníkem v činnosti SK. Organizace byla přizpůsobena novým ekonomickým podmínkám v tělovýchově a sportu. Odpovědnost za hospodaření SK a provoz sportovních a tělovýchovných zařízení převzal ředitel, který nahradil zrušenou funkci tajemníka. Byla ustavena Rada SK (s činností výkonnou v rozsahu pověření valnou hromadou a Kompetenčním řádem a kontrolní - práce ředitele, hospodaření SK, sportovní a tělovýchovné činnosti ). Rada SK se stala vrcholným orgánem SK v období mezi valnými hromadami. Valná hromada zvolila pětičlennou Radu SK v čele s Josefem Dvořákem. V prosinci 1993 byl novým ředitelem jmenován Mgr. Miroslav Švihálek, který tuto funkci vykonává dosud. SK Jihlava převzal do vlastnictví rozestavěnou budovu regenerace u Horáckého zimního stadionu od MěÚ Jihlava. Stavbu financovanou z prostředků SK ( 3 mil. Kč ), MO ( 1 mil. Kč ) a města ( 0,2 mil Kč ) vzhledem k nedostatku finančních prostředků, potřebných k dokončení stavby a využití tohoto objektu, bylo rozhodnuto prodat za účetní hodnotu s. s r.o. Medicon Jihlava. MO a město požádaly o vrácení vložených částek, MO ve prospěch HC Dukla Jihlava, což je řešeno formou splátek.
Od roku 1993 došlo k podstatné změně v daňových zákonech, které měly přímý dopad i na SK Jihlava. Zvýšení cen energií podstatně ovlivnilo náklady na provoz tělovýchovných zařízení, zejména HZS a haly. Příspěvek na provoz SK od ČSTV se dále snížil a představoval pouze 10 procent skutečných nákladů. Částečné krytí ztráty se však nepodařilo zajistit z provozu vedlejších hospodářství. Byly proto zrušeny neproduktivní podnikatelské provozy a zaveden systém ekonomických pronájmů. Nevyužité prostory ve sportovních zařízeních byly pronajaty. Valná hromada v r. 1993 odsouhlasila usnesení členské schůze oddílu fotbalu o vyčlenění z SK a vytvoření samostatného klubu s právní subjektivitou pod názvem SK fotbal Jihlava (SKF). Schválila převedení soutěží na tento nový klub a bezplatné převedení vybavení družstev. Nedoporučila však převést do vlastnictví SKF areál fotbalu a navrhla uvedenou nemovitost pronajmout SKF na dobu pěti let. Po této době se měla prokázat provozuschopnost SKF a převedení nemovitosti do majetku této organizace mělo být znovu posouzeno. Rada SK se snažila zajistit dostavbu tribuny na fotbalovém hřišti. Nepodařilo se však sehnat vhodného partnera, který by finančně dostavbu zabezpečil. Valná hromada rovněž rozhodla o zvýšení členských příspěvků . Z iniciativy PSJ Jihlava byly zahájeny přípravné práce, včetně zpracování urbanistické studie, na výstavbu aquaparku v Březinových sadech. Převážná část tohoto zařízení byla plánována na pozemcích ve vlastnictví SK Jihlava. Rada SK odsouhlasila podmínky na účasti ve výstavbě a následném provozu tohoto zařízení při zachování minimálně travnatého fotbalového hřiště. Z tohoto velkorysého projektu však později sešlo a podobný areál se nyní staví u Českého mlýna.
V polovině roku 1995 fotbalový klub Spartak PSJ Jihlava přednesl návrh na vytvoření jednoho samostatného fotbalového klubu v Jihlavě. Rada SK vzala souhlasné usnesení oddílu kopané na vědomí s tím, že jeho vybavení nebude novému klubu předáno a bude využito pro potřeby oddílů SK. Fotbalový areál byl novému FK PSJ pronajat s tím, že do pěti let dokončí výstavbu tribuny z vlastních prostředků. Z investičních akcí se v tomto období podařilo zajistit vybudování kavárny v bývalé zasedací místnosti Horáckého zimního stadionu, přestavbu vstupní části HZS, zřízení F-Clubu na fotbalovém hřišti a Sport-Clubu ( včetně herny) na HZS a vrátnice ve Sportovní hale. Dále pak vybudování topení a ohřevu užitkové vody na HZS po vypovězení dodávek od Jihlavských kotelen.